Mindenkinek jól jönnek a szövetségesek, így a háborúskodás mellett érdemes szövetségeket is kialakítani. A szövetségek rendkívül különbözőek is lehetnek attól függően, hogyan kötik meg a szerződést. A szerződéseket érdemes minél konkrétabban és egyértelműbben megfogalmazni, nehogy a szövetségesünk éppen a kiskapukat kihasználva másként cselekedhessen, mint ahogy ezt mi eredetileg a szerződés megírásakor gondoltuk. Háború esetén csak a szövetségeseink nyújthatnak nekünk segítséget, akikkel békést viszonyt ápolunk sajnos nem tudnak segíteni. Szövetséget csak a Kagék és Vezetők köthetnek egymással. Egy szerződés ajánlatot nem kötelező elfogadnia a másik félnek. A szövetséget fel lehet bontani, amit bármelyik Kage vagy Vezető megtehet, de fontos, hogy a felbontás csak 3 nap múlva lesz érvényes.

Minta Szerződés:
Kezdeményező Kage/Vezető: (Aki írja)
Érintett Kage/Vezető: (Akinek el kell fogadnia)
Tartalom: (Amit a szerződés magága foglal)

Természetesen nem kötelező minden Nemzettel jó kapcsolatot ápolnod. Háborút indíthatsz egy vagy akár több Nemzet ellen is, de fontos mérlegelni egy háború indítása előtt, hogy milyen következményeket vonzhat az maga után. Egy háborúnak különféle indokai is lehetnek: Bijuu megszerzése, Pénztár kifosztás vagy akár egyéb kincsek megkaparintása is.
Háború csak az alábbi feltételek mellett indítható:

• Háborút csak a Kage/Vezető indíthat.
• A résztvevőket a Kage/Vezető dönti el, persze mindenki a saját Nemzetéből.
• A háború indítása nem ingyenes, állnod kell az utazást és ellátmányozást: 30.000 Ryo, amit a Pénztárból kell fizetni, a támadó fizeti és a védekezőnek ezt a díjt nem kell megfizetnie. Szövetségesek nem segíthetnek ennek az összegnek a kifizetésében.
• Ha a Szövetséges is küld katonát, akkor az neki 10.000 Ryoba kerül, amit a pénztárból kell kifizetni. Ennek kifizetésében a Támadó nem segíthet. Ha a Szövetséges a védekezőnek küld katonát, akkor az 5.000 Ryoba kerül neki, amit szinté egyedül kell kifizetnie.
• A háborúban csak minimum Elit Jounin szintű ninják vehetnek részt.
• Minimum 3, maximum 5 fő vehet részt a háborúban oldalanként. (Kivéve, ha nincs elegendő lakosa a Falunak)
• A támadó és védekező fél részéről azonos számú shinobinak kell háborúba mennie.
• A szövetségesek is küldhetnek shinobit a háborúba. Ennek elfogadása a Kagétól/Vezetőtől függ, míg kötelező jellege a szerződéstől. (Ők is benne vannak az 5 főben)
• A támadó fél maximum annyi shinobit küldhet harcba, amennyit a védekező fél ki tud állítani.
• Egy háborúnak csak 1 célpontja lehet, amit a támadó meg akar szerezni.
• A védekező fél szintén megnevezhet egy célpontot, amit akkor szerez meg, ha ő nyeri a háborút.
• A háború megírását csak 5 nap eltelte után lehet elkezdeni.
• Az 5 nap lejárta után még élő szövetségi rendszerek szerint kell megírni a harcot, attól függetlenül, hogy a háború mikor kerül megírásra.
• A vesztes fél 7 napig nem indíthat ismételt háborút függetlenül, hogy vedekező vagy támadó fél volt, de 7 napig nem is támadhatják őket.